Theo quy định, cơ quan hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp đối với các trường hợp sau:
Người nộp thuế trong thời hạn 12 tháng tính đến ngày nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa có hành vi vi phạm pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật khác có liên quan đang bị cơ quan có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự.
Người nộp thuế là công ty thành viên trong cùng một tập đoàn nhưng tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự hoặc đơn vị thành viên khác trong cùng một tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự.
Người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn từ 500 triệu đồng trở lên; người nộp thuế không giải trình được những mâu thuẫn trong hồ sơ đề nghị hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa.
Các trường hợp nghi ngờ khác trong quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của người nộp thuế.
Cơ quan hải quan phải theo dõi, đôn đốc phối hợp với cơ quan thuế. Ngay sau khi nhận được ý kiến của cơ quan thuế, căn cứ văn bản quy phạm pháp luật, hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan hải quan có văn bản phản hồi cho người nộp thuế.
Đối với các trường hợp hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước nhưng cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan thuế thì không cần thu thập thêm thông tin từ cơ quan thuế địa phương.
