Hiện nay có một số quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP còn gây khó khăn cho người nộp thuế. Cụ thể như về thời điểm tổ chức khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân nhận cổ tức, nhận thưởng bằng chứng khoán. Tại điểm d.1, khoản 5, Điều 7, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP quy định: "Đối với cá nhân nhận cổ tức bằng chứng khoán; cá nhân là cổ đông hiện hữu nhận thưởng bằng chứng khoán thì tổ chức có trách nhiệm khai thuế thay và nộp thuế thay cho cá nhân đối với thu nhập từ đầu tư vốn khi cá nhân chuyển nhượng chứng khoán cùng loại như sau:
Đối với chứng khoán thông qua hệ thống giao dịch trên Sở giao dịch chứng khoán thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký, công ty quản lý quỹ nơi cá nhân ủy thác danh mục đầu tư.
Đối với chứng khoán không thông qua hệ thống giao dịch trên Sở giao dịch chứng khoán thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay như sau: chứng khoán của công ty đại chúng đã đăng ký chứng khoán tập trung tại Trung tâm lưu ký chứng khoán thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký chứng khoán; chứng khoán của công ty cổ phần chưa là công ty đại chúng nhưng tổ chức phát hành chứng khoán ủy quyền cho công ty chứng khoán quản lý danh sách cổ đông thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là công ty chứng khoán được ủy quyền quản lý danh sách cổ đông; chứng khoán không thuộc trường hợp quy định nêu tại đoạn này thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là tổ chức phát hành chứng khoán."
Quy định trên có hiệu lực từ 5/12/2020.
Để triển khai quy định trên, các công ty chứng khoán đã xây dựng phần mềm ứng dụng công nghệ thông tin để theo dõi khoản thu nhập của nhà đầu tư cá nhân để khấu trừ thuế. Tuy nhiên, đến nay, việc xây dựng phần mềm của các công ty chứng khoán chưa hoàn tất, để các công ty chứng khoán có đủ điều kiện đáp ứng yêu cầu kê khai, nộp thuế thay cá nhân quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP thì cần thiết phải sửa đổi theo hướng lùi thời hạn áp dụng điểm d.1 khoản 5 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.
Chính vì vậy, Nghị định số 91/2022/NĐ-CP của Chính phủ sửa đổi Nghị định số 126/2020/NĐ-CP cho phép quy định trên được thực hiện kể từ ngày 1/1/2023.
Nghị định số 91/2022/NĐ-CP cũng nêu rõ: Trường hợp cá nhân nhận cổ tức bằng chứng khoán, cá nhân là cổ đông hiện hữu nhận thưởng bằng chứng khoán được ghi nhận vào tài khoản chứng khoán của nhà đầu tư từ ngày 31/12/2022 trở về trước và chưa được các công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký, công ty quản lý quỹ nơi cá nhân uỷ thác danh mục đầu tư, tổ chức phát hành chứng khoán khai thuế thay, nộp thuế thay thì cá nhân thực hiện khai, nộp thuế thu nhập cá nhân theo quy định của pháp luật thuế Thu nhập cá nhân và không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế, không bị tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định tại khoản 11 Điều 16 Luật Quản lý thuế từ ngày 05/12/2020 đến hết ngày 31/12/2022.
