Năm 2004, Công ty C. mua lô đất diện tích đất 53.948m2 với giá hơn 120,5 tỷ đồng để thực hiện dự án kinh doanh bất dộng sản (đất bị kê biên để phát mại thi hành án). Công ty làm thủ tục chuyển quyền và chuyển mục đích sử dụng đất.
Trong năm 2012, Tổng Kiểm toán Nhà nước ban hành quyết định số 1216 về chuyên đề giao đất, triển khai thực hiện dự án, bán, chuyển nhượng quyền sử dụng đất và tài sản hình thành từ dự án trên địa bàn quận B., TPHCM. Theo đó, Công ty C. phải nộp thêm hơn 13,4 tỷ đồng.
Nguyên nhân là do, theo Thông tư 32/2007 chỉ cho trừ giá trị quyền sử đụng đất theo bảng giá đất do UBND TPHCM ban hành, không được trừ giá thực tế (tức là giá mua cộng thêm tiền thuế chuyển quyền sử dụng đất).
Kiểm toán Nhà nước kiến nghị cục thuế truy thu thuế GTGT đối với Công ty C. Vì vậy, ngày 27/3/2014, Cục thuế TPHCM ban hành quyết định xử phạt hành chính, truy thu thuế, tiền chậm nộp và phạt vi phạm hành chính đối với Công ty C. tổng cộng là hơn 19,6 tỷ đồng. Cục thuế TPHCM đã ban hành các quyết định cưỡng chế vào ngày 20/8/2014. Công ty C. không đồng tình với các quyết định trên nên khởi kiện ra tòa án. Vụ án được đưa ra xét xử vào năm 2017 nhưng sau đó có quyết định hủy án để giải quyết lại từ đầu. Đây là phiên phúc thẩm lần 2.
Công ty C. cho rằng, quy trình kiểm toán và ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế là trái thẩm quyền. Mặt khác, Luật Thuế giá trị gia tăng áp dụng giá đất do UBND tỉnh ban hành để miễn thu thuế GTGT khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất là không hợp lý dẫn đến việc truy thu thuế “ăn” vào vốn doanh nghiệp.
Cơ quan thuế lại khảng định, đơn vị này không có thẩm quyền xét xét kết luận kiểm toán đúng hay sai, nên không thể kiến nghị hoặc xem xét lại kết luận của Kiểm toán nhà nước.
Theo Cục thuế, thực tế thì Công ty C. thuộc trường hợp giao đất có thu tiền sử dụng đất không thông qua đấu giá để thực hiện dự án bất động sản nên thuộc trường hợp áp dụng điểm 10, mục I, phần B Thông tư 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính. Khi đó, thuế GTGT là giá thực tế chuyển nhượng cơ sở hạ tầng cùng với chuyển quyền sử dụng đất chưa có thuế GTGT trừ tiền sử dụng đất phải nộp vào ngân sách nhà nước theo giá do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm giao đất.
Mặt khác, Công ty C. được UBND TP.HCM giao đất theo Quyết định số 3309/QĐ-UBND ngày 01/7/2005 có thu tiền sử dụng đất theo giá do UBND TP HCM quy định, không thu tiền sử dụng đất theo hình thức đấu giá.
Tranh cãi về hình thức giao đất
Mấu chốt của vụ việc này là Công ty C. có thuộc trường hợp được nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất không?
Theo diễn biến, Công ty C. mua lô đất trên là đất bị kê biên, phát mại tài sản. Ngày 1/7/2005, UBND TPHCM ban hành quyết định 3309 về việc thu hồi và giao đất cho Công ty C. để đầu tư xây dựng khu nhà ở kinh doanh và khu nhà ở cao tầng phục vụ tái định cư. UBND TPHCM cũng yêu cầu Cục thuế phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường tính toán, thu các khoản thuế và tiền sử dụng đất khi cấp giấy chứng nhận quyền sử đụng đất.
Tòa án xác định, việc UBND TPHCM ban hành quyết định trên là một trong những thủ tục phải có để Công ty C. thực hiện dự án và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng. Đây không phải là trường hợp nhà nước thu hồi đất, tạo quỹ đất trống để giao cho Công ty C. sử dụng có thu tiền sử dụng đất để thực hiện dự án theo quy định của Luật Đất đai.
Do đó, Cục thuế căn cứ vào Thông tư 32 để truy thu thuế là không có căn cứ. Ngoài ra, theo tòa án, Kiểm toán Nhà nước không phải là cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính và kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước không phù hợp với quy định pháp luật.
Với các lý do trên, tòa án đã quyết định hủy các quyết định xử phạt hành chính trên.
Hết thời hiệu xử phạt hành chính
Theo tòa án, khoản 2, Điều 2, Nghị định 129/2013/NĐCP của Chính phủ thì đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn thì thời hiệu xử phạt là 5 năm, kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm đến ngày ra quyết định xử phạt.
Trong trường hợp này, số tiền 13,4 tỷ đồng mà Kiểm toán nhà nước kiến nghị truy thu là số thuế GTGT truy thu trước ngày 1/1/2009. Vì vậy, ngày 27/3/2014, Cục thuế TPHCM ban hành Quyết định số 1042 thuộc trường hợp hết thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính.
Theo điểm b khoản 2 Điều 28, Điều 65 Luật Xử lý vi phạm hành chính năm 2012 thì lẽ ra trong trường hợp này Cục thuế TPHCM phải ban hành Quyết định áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả. Tuy nhiên ngày 09/10/2019, Cục thuế TPHCM lại ban hành Quyết định số 5217/QĐ-CT về việc sửa đổi, bổ sung Quyết định xử phạt số 1042/QĐ-CT-KT4 ngày 27/3/2014 là không đúng trình tự, thủ tục xử phạt vi phạm hành chính theo quy định pháp luật.
