Theo đó, tại TP. Cần Thơ có 4 dự án bị Thanh tra Chính phủ nêu tên, cụ thể, Khu du lịch cồn Cái Khế do Công ty CP Du lịch Cần Thơ làm chủ đầu tư, năm 2009, Cục thuế TP. Cần Thơ tiến hành xác định lại tiền thuê đất theo Nghị định 142/2005 của Chính phủ và tính truy thu từ thời điểm 4/11/1994 đến năm 2006 của công ty này với số tiền trên 2,2 tỷ đồng.
Tuy nhiên, kết luận thanh tra cho rằng, theo Nghị định 142 thì Công ty CP Du lịch Cần Thơ thuộc đối tượng phải xác định lại đơn giá thuê đất và đơn giá thuê này chỉ được áp dụng từ ngày 1/1/2006. Do đó, việc Cục Thuế TP. Cần Thơ tiến hành truy thu tiền thuê đất của Công ty này từ năm 1994 - 2005 là không đúng với quy định trên; tiền truy thu chỉ được tính từ ngày 1/1/2006 (số tiền truy thu sai quy định hơn 1,9 tỷ đồng, chưa tính tiền nộp phạt).
Ngày 19/1/2016, Cục thuế TP. Cần Thơ ra thông báo nộp tiền thuê đất năm 2016, trong đó giá thuê 32.612 m2 đất, loại đất thương mại dịch vụ là trên 1,6 tỷ đồng/năm. Theo Thanh tra Chính phủ, việc xác định giá thuê đất như trên là chưa phù hợp theo quy định của Thông tư 333/2016 của Bộ Tài chính. Do đó đề nghị Cục thuế TP. Cần Thơ điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty CP Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định.
Dự án mở rộng Làng du lịch sinh thái Mỹ Khánh (nhà đầu tư là Công ty TNHH Du lịch sinh thái Mỹ Khánh) đã họp dân công bố quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 ngày 10/5/2012 theo quy định. Đến tháng 6/2018, chủ đầu tư đã thoả thuận bồi thường được khoảng 150.115 m2, đạt tỷ lệ 76,78% tổng diện tích dự án, diện tích còn lại chưa thoả thuận bồi thường là hơn 45.000 m2.
Đến thời điểm kiểm tra, dự án chậm tiến độ; chủ đầu tư mới chuyển đổi được 0,32 ha sang đất sản xuất kinh doanh, diện tích còn lại là đất cá nhân chưa chuyển đổi mục đích sử dụng nhưng đã xây dựng các hạng mục theo dự án và đã đi vào hoạt động.
Trong năm 2015 và 2016, nhà đầu tư sử dụng không đúng mục đích 19.079 m2 đất (nguyên nhân do chưa chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất phi nông nghiệp). Tuy nhiên, nhà đầu tư đã kê khai nộp thuế sử dụng đất phi nông nghiệp năm 2017 và đã nộp thuế sử dụng sản xuất kinh doanh 19.701 m2 (trong đó có 19.079 m2 đất nêu trên) vào ngân sách nhà nước.
Đối với dự án Khu đô thị du lịch sinh thái cồn Ấu, quận Cái Răng, khu đất xây dựng dự án này có diện tích 45.640 m2, chuyển mục đích sử dụng đất không tiếp giáp với các tuyến đường giao thông, không có trong phụ lục bảng giá đất ở đô thị và bảng giá đất sản xuất kinh doanh tại quyết định của UBND TP Cần Thơ ban hành vào ngày 26/12/2014 quy định giá các loại đất định kỳ 5 năm (2014-2019).
Theo thông báo kết luận thanh tra, việc Sở Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) xác định là đất ở nông thôn và Chi cục Thuế quận Cái Răng áp giá đất ở nông thôn cho toàn bộ diện tích trên, trong khi tại 4 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất được xác định là đất ở đô thị là chưa phù hợp với Thông tư 36/2014 của Bộ TN&MT và chưa trình HĐND TP để phê duyệt khung giá đất đối với dự án.
Đối với Dự án Khu đô thị và vui chơi giải trí Cồn Khương của Công ty cổ phần đầu tư phát triển miền Nam, tháng 11/2017, UBND TP Cần Thơ có quyết định về việc phê duyệt điều chỉnh đồ án quy hoạch chi tiết tỷ lệ xây dựng 1/2000 cho dự án. Sau đó, Trung tâm Phát triển quỹ đất TP Cần Thơ mới thực hiện hợp đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án.
Thời điểm thanh tra, dự án đang thực hiện công tác đền bù, hỗ trợ, giải phóng mặt bằng và tái định cư, chậm tiến độ so với kế hoạch.
Việc giải phóng mặt bằng của dự án gặp khó khăn do nhiều hộ gia đình, cá nhân không phối hợp trong việc đo đạc, kiểm đếm lập hồ sơ bồi thường, hỗ trợ và quận Ninh Kiều không còn nhà ở tái định cư.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND TP. Cần Thơ thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty CP Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định; yêu cầu chủ đầu tư mở rộng Làng du lịch Mỹ Khánh thực hiện chuyển đổi diện tích đất đang sử dụng sai mục đích sang đất sản xuất kinh doanh.
Ngoài ra, UBND TP Cần Thơ chỉ đạo Sở TN&MT phối hợp với Cục Thuế TP áp dụng đúng loại đất đối với dự án Khu đô thị du lịch sinh thái cồn Ấu. Trường hợp xác định là đất ở đô thị thì phải xác định lại giá đất để tính tiền sử dụng đất nhằm đảm bảo không thất thu ngân sách.
