VSDC là doanh nghiệp Nhà nước được tổ chức quản lý dưới hình thức Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ, được thành lập trên cơ sở chuyển đổi Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam (VSD).